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Science:科學家發明DNA“錄音機” 可存儲細胞記憶

2015-3-7 15:27:37      點擊:
如果細胞會說話,它們應該有很多故事可以告訴我們。它們遇到過哪些分子,它們向鄰居傳遞過哪些信號,它們是如何成長和改變的。研究人員雖然還沒能讓細胞真正開口說話,但是他們已經發明了一種DNA“錄音機”,通過DNA序列存儲數據。DNA“錄音機”可以記錄細胞幾個星期的生活史,描述出細胞各種各樣的記憶。相關研究發表在11月13日的《科學》雜志上?茖W家們預想,這一穩定的、可擦除且易于檢索的記憶,將會特別適合于諸如環境和醫學監測傳感器等應用。

在過去,研究人員通過打開或關閉響應刺激的蛋白的產生,將細胞轉化成簡單的傳感器。 但是每個開關只能記錄一項簡單的信息,即細胞是否在相應的刺激中暴露過,但不能揭示暴露的時間和程度。

領導該研究的麻省理工學院的合成生物學家Timothy Lu說:“我們希望細菌可以有一個收集更多信息的記憶系統,那么問題來了,這樣的記憶系統是什么樣的呢?”

Lu的團隊設定了一個生物程序對活細胞的DNA進行重寫。一旦DNA被重寫了,即便到細胞死亡的時候,信息依然會存在于遺傳物質中。通過測定含有這種重寫DNA的細胞中基因的數量,研究人員可以確定信號持續的時間和強度。含有突變基因的細胞越多,表明信號越強、越久。

這種方法被稱為Synthetic Cellular Recorders Integrating Biological Events (SCRIBE),依靠的是反轉錄子(retrons),反轉錄子組成一些細菌的遺傳系統,產生單鏈DNA;細菌通常用單鏈DNA改變它們的宿主。Lu的團隊在細菌的細胞中插入一個反轉錄子,只有當細菌響應特定的刺激(如化學物質、光)時,該反轉錄子才會開啟,產生特定的DNA。

Lu在他改造的響應光信號和其它常見生物試劑的細胞中測試了SCRIBE。其中一個成功的例子是,SCRIBE成功的讓抗生素抗性基因突變的細胞響應光信號的記憶變得特別容易讀取。當細胞生長在抗生素存在的環境中時,研究人員可以立刻看到哪些細胞包含新的突變基因。結果還可以通過細菌基因組測序來驗證。


Lu說:“SCRIBE系統還有很多潛在的應用,比如長期記錄一種細胞的生存環境;罴毎梢运h境中放上一周,然后收集起來,再測定細胞的DNA,然后判斷細胞所處的環境是否含有某種細菌或者毒素。SCRIBE還可以用于推動基礎研究。當你從單細胞變成多細胞組織,每個細胞都遇到了不同的信號。SCRIBE可以讓研究人員知道,每個細胞是如何來塑造自己的命運的!

波士頓大學的生物醫學工程師Ahmad Khalil說:“他們做了非常特殊的工作,將DNA轉化為可讀的形式,書寫活細胞的記憶。我覺得這是合成生物學一個非?岬男路较!
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